Çanakkale Boğaz Köprüsü güzergahı, otoyol projesinin ÇED başvuru dosyasına göre köprü yolu; İstanbul’un Silivri ilçesinden başlayarak, Tekirdağ’ın Marmara Ereğlisi, Çorlu, Süleymanpaşa, Malkara ilçelerinden geçerek Çanakkale’ye ulaşacak. Çanakkale köprüsü otoyol güzergahı, Çanakkale’nin Gelibolu, Lapseki, Çan ve Yenice ilçeleri üzerinden Balıkesir Balya ilçesinde son bulacak. Güzergahta Keşan ise yer almıyor.

Çanakkale Boğazı Geçiş Köprüsü’nün de yer aldığı Otoyol Projesi, Avrupa ile Asya arasındaki bir başka bağlantıyı sağlayacak. Proje tamamlandığında Balıkesir ile Çanakkale otoyolla bağlanacak, Çanakkale köprüsü üzerinden Tekirdağ’a, buradan da Kapıkule Sınır Kapısı’na kadar uzanacak. Böylece Marmara Bölgesi’nde otoyolla bir ring oluşturulacak. Söz konusu projeyle İstanbul’un trafik yükü de hafifleyecek, taşımacılık maliyetleri düşecek, Ege Bölgesi’nin taşımacılık faaliyetleri, Çanakkale üzerinden de yapılabilecek. Daha önce Çanakkale Boğaz Köprüsü yapıldığında Yunanistan’dan ve Edirne üzerinden Ege ile Akdeniz Bölgesi’ne Keşan bölgesinden gidileceği bildirilmişti.